คณะรัฐมนตรี ได้มีมติ เมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม พ.ศ. 2542 ได้เห็นชอบในหลักการ มาตรการจัดการศึกษา เพื่อคนพิการให้ดำเนินการตามเสนอ และเห็นชอบกับยุทธศาสตร์การดำเนินงาน และโครงสร้างการบริหารงานของการจัดการศึกษาเพื่อคนพิการ และประกาศให้ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัด เป็นสถานศึกษา เพื่อคนพิการโดยให้ทำ หน้าที่นำนโยบายไปสู่การปฏิบัติ จัดทำและจัดสรรงบประมาณให้แก่สถานศึกษาประสานงานกับ หน่วยงานในพื้นที่ให้บริการการศึกษา บำบัด ฟื้นฟูและดำเนินระบบ ส่งต่อ โรงเรียน ชุมชน กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัด เมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม พ.ศ.2543 ให้เป็นสถานศึกษา เพื่อให้บริการช่วยเหลือ ผู้พิการ ในพื้นที่เขตบริการ ด้านการพัฒนาศักยภาพ และด้านการศึกษา ให้คำแนะนำการเตรียมความพร้อมแก่ผู้พิการ เพื่อเข้าเรียนร่วมในโรงเรียนปกติให้มากขึ้นอย่างทั่วถึง ประสานงานการจัดการเรียนร่วมในพื้นที่ สนับสนุนสื่อและสิ่งอำนวยความสะดวก ตลอดทั้งปฏิบัติหน้าที่ให้คำปรึกษา แนะแนว จัดทำสถิติ ข้อมูล และบริการ ด้านการศึกษาพิเศษแก่หน่วยงานที่เกี่ยวข้อง
ในระยะเริ่มต้นได้ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดพะเยา ได้ใช้อาคารสถานที่ ในโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 24 อำเภอจุน จังหวัดพะเยา เป็นสำนักงานชั่วคราว
ต่อมาในปี พ. ศ. 2543 ย้ายสำนักงาน มาตั้งอยู่ที่ โรงเรียนบ้านสันป่าเป้า ตำบลดอกคำใต้ อำเภอดอกคำใต้ จังหวัดพะเยา
และในวันที่ 14 เดือน กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2554 ได้ย้ายสำนักงานที่ทำการ มายัง โรงเรียนบ้านเจดีย์งาม จนถึงปัจจุบัน ปัจจุบันศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดพะเยา ตั้งสำนักงานอยู่เลขที่ 262 หมู่ 1 บ้านเจดีย์งาม ตำบลท่าวังทอง อำเภอเมือง จังหวัดพะเยา 56000 โทรศัพท์ 0-5441-2233 โทรสาร 0-5441-2233 มีที่ดิน จำนวน 8 ไร่ – งาน 27.40 ตารางวา
